2022-09-28

プレプリントの公開 / Posted preprints

プレプリント (査読前論文)を3つ公開しました。

一つは、がんの存在が遠隔にある肝臓の空間的な遺伝子発現パターンを撹乱することを示した論文です (Vandenbon et al: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2022.09.27.509354v1)。

二つめは、いわゆる急性期応答タンパク質と炎症の関係を調べた論文です (He and Konishi et al: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2022.09.26.509617v1)。

三つめは、つい先日報告したニコチンアミドメチル基転移酵素が、AML12という肝細胞の細胞株の遺伝子発現や

代謝に重要であることを示した論文です (Yoda et al:

https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2022.09.25.509348v2)。

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Just posted three preprints.

In Vandenbon et al., we report that murine breast cancers disorganize spatial gene expression patterns in the liver (https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2022.09.27.509354v1)。

In He and Konishi et al., we investigate the relationship between acute phase proteins and systemic inflammation in vivo (https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2022.09.26.509617v1)。

In Yoda et al., we find that nicotinamide-N-methyl transferase regulates metabolism and gene expression in the AML12 hepatocyte cell line (https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2022.09.25.509348v2)。

 

2022-08-24

生体情報解析分野 初の基礎医学修練生

東北大学医学部の3年生二人が基礎医学修練生として研究室にやってきました。
東北大学に移ってから、初めて受け入れる学生さん。
ドキドキしていましたが、桑原くんと長谷川くん、性格がまったく正反対な二人ですが、すでに良い味を出してくれています。
これから3ヶ月半の間、一緒に楽しく研究できたらいいなと思っています。
どうぞよろしくお願いします~!

 

2022-06-29

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Editor's highlights

先日発表した論文がNature Communicatons誌のエディターによってハイライトされました。

Cancerのカテゴリです。リンクはこちら。この研究はがんそのものを対象にしていません。そのために、

どの媒体に発表するのが良いのか悩むことがありました。このカテゴリでfeatureされたのは感慨深いです。

Our paper has been featured in Editor's highlights in Nature Communications (Cancer section). We appreciate the editor for highlighting our work, which investigates cancer hosts rather than cancers. Here is the link.

 

2022-06-15

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論文を発表しました

京大産婦人科から来てくれていた水野さんの論文がオープンになりました

(Mizuno et al., Nature Communications, 2022)。

がんによって全身に不調が生じるのはどうしてだろう、という問題意識に基づく研究です。

今回の論文では、がんをもつ個体の肝臓に生じる代謝異常の新しいしくみの一端を明らかにしました。

たくさんの共同研究者の先生方に支えられた研究でした。世に出せて本当によかったです。次の論文も頑張ります。

 

2022-05-24

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質量分析機

あっというまに五月も終わりに近づいてきました。書類関係の仕事も進み、質量分析機も稼働しています。この機械を使うと、資料に含まれる代謝物などの種類や量を知ることができます。いろんなものを測定してその情報に基づきいろんなことを考える、という私たちの研究室にとって、頼もしい機械の一つです。

 

2022-04-27

 

加齢研への引っ越し その1

4/15に研究室の引っ越しをしました。トラック4台あって、迫力ありました。ディープフリーザーはクレーンで。僕がやったことは写真をとるくらいでした。

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2022-04-09

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蔵王

仙台に引っ越してきました。新居からは蔵王をのぞむことができます。西側は山がたくさんあって、とても綺麗。

山をみると落ち着きます。どうしてだろう。登ったりはしないけれど、遠くからみると落ち着く感じです。

来週はいよいよ研究室の引っ越し。うまく進みますように。

 

2022-03-31

 

京都の春 と ラボの様子 その1

桜がきれいです。小西さんが写真を撮ってくれたので、せっかくなのでアップします。1-2日前からわっと咲いてきました。

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2022-03-28

 

引っ越しのための模様替え その1

京大です。これまで自分がオフィスにしていた部屋はみんなの居室になります。このデスクは加齢研に運んでもらいます。巣のような空間ですきでした。

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2022-03-24

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引っ越し準備

京大のラボの引っ越し準備が進んでいます。7つある部屋のうち、一番引っ越しぽさが出ている部屋の写真を

撮りました。何か準備し忘れてないかな、と不安になりつつ、始まれば意外となんとかなるのが引っ越しです。

人生トータルでみると、引っ越しはもう9回目になります。4-5年に1回は引っ越している計算です。引っ越しって

寂しいものではありますが、新しいネットワークができたり、やっぱり刺激になるので、楽しさもあります。

滞りなく、とまでは願わないけれど、みんな無事に引っ越しができますように。

 

2022-03-17

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地震

昨晩、大きな地震がありました。ホテルの8階。ベッドに寝転んで いました。1回目の揺れで身体を起こし、2回目の揺れで大慌てでデスクの下に逃げ込みました。デスクに奥行きがなくてはみだした身体に落下してきたコップが直撃したりして、大地震なのだと。

写真は自宅 (まだ住んでいない)。見に行ってみると、リビングの エコカラットが割れていたりした。多孔質セラミックスの壁材の ことで・・・というのはどうでもよくて、すごい揺れだったのだと実感。嫌なタイミングの地震だったなあ。

これ以上の被害が出ないことを祈るばかりです。へこたれてばかりもいられません。状況を確認して適切に対応しつつ、研究を進めていきたいと思います。

新幹線が止まってしまっているので、予定を変更、飛行機で関西に戻ることにします。

 

2022-03-15

壁の塗装

とみに暖かい仙台です。先週からずっと、塗装屋さんが壁の塗装をしてくださっています。内装工事はいいですね、部屋の雰囲気が ガラッと変わります。右側が二度塗りの二回目、左側は一回目の 状態。ずいぶん色が違うのがわかると思います。

塗装はなかなか奥が深くて、一般住宅の塗装についても勉強すると面白いです。塗料によって壁材との相性とか耐久性が違います。

先日は仲野先生の退官記念講演を拝聴しました。Zoomのおかげで出席することができました。仙台にお招きして研究室をご案内  できる機会があればいいなあ。

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2022-03-11

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カーペット張り替え

今週からはしばらく加齢研です。移動日から暖かくなって、嬉しいかぎり。春はいいですね。花粉は嫌ですが。

部屋の改装が続いています。カーペットが新しくなりました。壁の補修や電源工事も進んでいて、4月の引っ越しに間に合いそうです。

住むところのほうでも色々やっていて、職人さんの技に惚れ惚れ するばかり。ああいう技術はどのくらいで身につくものなのかな。

 

2022-03-02

中村さん、実験中

京都はここ2日天気がいまいちです。月曜日の天気が春っぽかっただけに、肩透かしをくらった気分。春よ、戻ってきて〜。

ふらっと実験室に行くと大学院生の中村さんがマウスの遺伝子型を調べていたので、写真を撮らせてもらいました。

カムカム (朝ドラ) が佳境ですね。るいと安子の再会はあるのか。 サンタおじさんはどこいったのか。気になります。

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2022-02-24

冷蔵庫 stands alone

研究室はまだ準備中で、あんまりものがありません。それも京都 から実験ベンチや機器がくるまでのあいだ。冷蔵庫と奥に鎮座しているサーモの機器は先発隊としてお留守番です。


奥の窓からは北に泉ヶ岳が見えます。ちなみに奈良の家からは西に生駒山、東に若草山が見えます。京都もどこを見ても山です。山が見えるとなんとなく落ち着きますが、これ、なぜでしょうか。

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2022-02-22

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オイスターベイ

今週は加齢研にいます。4月には京大の研究室から実験ベンチや機器の一部を持ってきます。色々な方々の助けを借りてセットアップが進んでいます。

部屋はまだ殺風景なので適当に昔の写真を。アメリカ時代に住んでいたオイスターベイのセオドア・ルーズベルト公園。

家から5分とかからずこの景色でした。

 

2022-02-22

ホームページを作りました

2022年2月22日。ようやくホームページを作りました。


写真は鎌倉、七里ヶ浜の写真です。研究とは関係がないです。

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